name: inverse layout: true class: center, middle, inverse <div class="my-header"><span> <a href="/training-material/topics/introduction" title="Return to topic page" ><i class="fa fa-level-up" aria-hidden="true"></i></a> <a class="nav-link" href="https://github.com/galaxyproject/training-material/edit/main/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/slides.html"><i class="fa fa-pencil" aria-hidden="true"></i></a> </span></div> <div class="my-footer"><span> <img src="/training-material/assets/images/GTN-60px.png" alt="Galaxy Training Network" style="height: 40px;"/> </span></div> --- <img src="/training-material/assets/images/GTN.png" alt="Galaxy Training Network" class="cover-logo"/> # Una Breve Introducción a Galaxy <div markdown="0"> <div class="contributors-line"> Autores: <a href="/training-material/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge contributor-shiltemann"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann?s=27" alt="Avatar">Saskia Hiltemann</a> <a href="/training-material/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge contributor-hexylena"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena?s=27" alt="Avatar">Helena Rasche</a> <a href="/training-material/hall-of-fame/npalopoli/" class="contributor-badge contributor-npalopoli"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/npalopoli?s=27" alt="Avatar">Nicolas Palopoli</a> <a href="/training-material/hall-of-fame/jrr-cpt/" class="contributor-badge contributor-jrr-cpt"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/jrr-cpt?s=27" alt="Avatar">Jolene Ramsey</a> </div> </div> <!-- modified date --> <div class="footnote" style="bottom: 8em;"><i class="far fa-calendar" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">last_modification</span> Última modificación: Nov 23, 2021</div> <!-- other slide formats (video and plain-text) --> <div class="footnote" style="bottom: 6em;"> <i class="far fa-play-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">video-slides</span> <a href="/training-material/videos/watch.html?v=/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/slides_ES">Diapositivas en video</a> | <i class="fas fa-file-alt" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">text-document</span><a href="slides-plain_ES.html"> Diapositivas en modo texto</a> </div> <!-- usage tips --> <div class="footnote" style="bottom: 2em;"> <strong>Consejo: </strong>Presiona <kbd>P</kbd> para visualizar las notas del presentador | <i class="fa fa-arrows" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">arrow-keys</span> Usa las flechas del teclado para cambiar de diapositiva </div> ??? Las notas del presentador contienen información extra que puede serte de utilidad si vas a presentar estas diapositivas. Presiona `P` de nuevo para ir a las notas del presentador. Presiona `C` para crear una ventana nueva donde se visualizará la misma presentación. Esta ventana está vinculada a la ventana principal. Si cambias las diapositivas en una, las otras cambiarán también. Útil para dar una presentación. --- ### <i class="far fa-question-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">question</span> Preguntas - ¿Qué es Galaxy? - ¿Por qué debería usar Galaxy? - ¿Cómo uso Galaxy? - ¿Cómo puedo conectarme con la Comunidad Galaxy? --- # ¿Qué es Galaxy? ??? ¿Qué es Galaxy? ---  ** *Análisis* de datos intensivos para todos** .pull-left[ - Plataforma para **Análisis de Datos** - Basado en la Web - **Fácil** de usar - **Gratis** y de Código Abierto - Muchas herramientas (~8000) - Popular (&gt;10.000 [publicaciones](https://www.zotero.org/groups/1732893/galaxy)) - Extensos [tutoriales](https://training.galaxyproject.org) disponibles ] .pull-right[  <!-- https://pixy.org/3013900/ CC0 license--> ] .footnote[Página principal: [galaxyproject.org](https://galaxyproject.org)] ??? - Galaxy es una plataforma web para el análisis de datos. - Es fácil de usar y completamente gratis. - Galaxy ofrece más de ocho mil herramientas para análisis. - Galaxy se usa extensamente. Actualmente tiene más de diez mil publicaciones. --- # ¿Por qué usar Galaxy? - Es **fácil**! - No se necesita instalación, solamente un navegador. - No hay comandos complejos, ¡simplemente apunta y haz clic! - Es **reproducible** - Galaxy mantiene un registro de los detalles del análisis. - **Multidisciplinar**: bioinformática, química, ecología, climatología, ..  ??? - Análisis de datos puede ser muy complejo. - Muchas veces requiere conocimiento especializado de programación o habilidades en la interfaz de línea de comandos. - Galaxy facilita el trabajo proveyendo una interfaz gráfica de usuario para herramientas populares en análisis de datos. - Galaxy se basa en la web. Esto significa que no tienes que instalar nada, solamente abre tu navegador y accede a Galaxy. - Galaxy apoya muchas disciplinas científicas diferentes. --- # ¿Cómo uso Galaxy? ??? - ¿Cómo uso Galaxy? --- # Encontrar un servidor de Galaxy - **Las Tres Grandes**: Galaxy Principal ([usegalaxy.org](https://usegalaxy.org)), Galaxy Europa ([usegalaxy.eu](https://usegalaxy.eu)), Galaxy Australia ([usegalaxy.org.au](https://usegalaxy.org.au)) .image-75[] - Existen muchos más servidores de Galaxy dedicados a ámbitos específicos (125+) - Lista de todas los servidores públicos de Galaxy: [galaxyproject.org/use](https://galaxyproject.org/use/) ??? - Hay tres servidores principales. Son Galaxy Principal, Galaxy Europa, y Galaxy Australia. - Estas tres Galaxies tienen los equipos más grandes detrás de ellos, y ofrecen la mayoría de las herramientas y recursos. - Puedes acceder a una cuenta gratis en cualquiera de estos servidores. - Además, hay muchos servidores más pequeños donde elegir. - Muchos de ellos se dedican a una disciplina. Por ejemplo, Galaxy Proteomics se enfoca en las herramientas y workflows de la proteómica. --- # La interfaz de Galaxy - Los tres paneles principales - **Izquierdo:** Herramientas disponibles - **Centro:** Ver tus datos y ejecutar una herramienta - **Derecho:** Registro completo de tus análisis **historia**  ??? - La interfaz para el usuario de Galaxy consiste en tres partes principales. - A izquierda, se muestra la lista de herramientas disponibles. - En el panel central ejecutarás tus herramientas de análisis y verás tus datos y resultados. - A la derecha hay un registro completo de la historia de tus análisis. --- # Cargar datos .pull-left[ - Cargar desde **tu ordenador** - Importar archivos **desde enlace URL** - Importar desde **almacenajes de datos públicos** - UCSC, NCBI, ENA, muchos más.. ] .pull-right[  ] ??? - El primer paso de un análisis es cargar tus datos en Galaxy. - Esto se puede hacer de varias maneras. - Puedes cargar archivos desde tu ordenador. - O puedes usar un enlace URL, y Galaxy descargará los datos desde allí. - Aún más, Galaxy puede importar datos directamente de varios almacenajes de datos en línea, por ejemplo UCSC, NCBI, y muchos más. --- # Historia .pull-left[ - Archivos aparecen en tu **historia** - Tres botones - <i class="far fa-eye" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-eye</span> **Ver** el archivo - <i class="fas fa-pencil-alt" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-pencil</span> **Editar atributos** - p.ej. cambiar nombre - <i class="fas fa-times" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-cross</span> **Borrar archivo** - Hacer clic para **expandir** - información sobre el archivo - formato, tamaño ... - vista previa del archivo - opciones del archivo - descargar, visualizar ... ] .pull-right[  ] ??? - Todos los archivos que cargas aparecerán en tu historia. - Hay tres botones en cada conjunto de datos en tu historia. - El icono del ojo te deja ver el conjunto de datos. Esto aparecerá en el panel central de Galaxy. - El icono del lápiz te deja editar los atributos del archivo. Por ejemplo puedes cambiar el nombre del archivo aquí. - El icono de la equis te deja borrar el conjunto de datos de tu historia. - Puedes hacer clic para expandir el conjunto de datos. Esto dará más información y opciones. --- # Encontrar una herramienta .pull-left[ - Explorar las secciones del panel de herramientas - Teclear un nombre en el campo **Buscar herramientas** ] .pull-right[  ] <br> - <i class="far fa-star" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-star</span> **Star** (añadir una estrella) a tus herramientas favoritas para encontrarlas más fácilmente.  ??? - Después de cargar tus datos, estás listo para ejecutar herramientas. - Puedes encontrar herramientas explorando la lista a la izquierda. - Si ya conoces el nombre de la herramienta que quieres usar, puedes teclearlo en el campo de búsqueda que se ubica en la parte de arriba del panel de herramientas. - Si has encontrado una herramienta que te gusta, puedes añadirla a tus favoritos haciendo clic en la estrella en la parte de arriba de la herramienta. --- # Ejecutar una herramienta .pull-left[ - Elegir los **archivos de entrada** - Establecer **paramétros** de la herramienta - **Ejecutar** - Debajo del formulario de la herramienta: - Ayuda - Cita de la herramienta ] .pull-right[  ] ??? - Cuando hagas clic en la herramienta, aparecerá en el panel del centro. - Aquí puedes seleccionar tus archivos de entrada e indicar los parámetros para la herramienta. - Luego puedes hacer clic en el botón ‘ejecutar’ para iniciar la herramienta. --- # Resultados del análisis .pull-left[ - Salidas de la herramienta se añaden a la historia - Estados diferentes de los conjuntos de datos - <span style="background-color: lightgrey"> esperando </span>, <span style="background-color: orange"> ejecutando </span>, <span style="background-color: lightgreen">éxito</span>, <span style="background-color: red">fallado</span> - Expandir para más opciones - <i class="far fa-save" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-save</span> **Descargar** conjunto de datos - <i class="fas fa-info-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-info</span> **Información** sobre la ejecución de una herramienta - <i class="fas fa-redo" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-refresh</span> **Recargar** herramienta con los mismos parámetros - <i class="fas fa-chart-bar" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-barchart</span> **Visualizar** conjunto de datos - Conjunto de datos rojo? - <i class="fas fa-bug" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-bug</span> Hacer clic en icono de insecto - ver mensaje de error - enviar reporte de error ] .pull-right[  ] ??? - Los resultados del análisis se añadirán a tu historia. - Verás estos archivos de salida pasando por varios estados. - Cuando un conjunto de datos está en gris, significa que está esperando para ejecutar. - Cuando está amarillo, significa que la herramienta está ejecutando. - Cuando la herramienta termine, las salidas aparecerán verdes si la herramienta se ejecutó con éxito. - Puedes hacer clic en cada artículo en la historia para más información y opciones. - Por ejemplo, puedes descargar el archivo a tu ordenador. - O puedes recargar la herramienta con los mismos parámetros. - También hay una opción para visualizar tus datos. - Si hay un problema con la herramienta, el color se convertirá en rojo. - Puedes hacer clic en el icono del insecto para ver el mensaje de error o enviar un reporte del error a los administradores de Galaxy. --- # Visualizaciones - Galaxy tiene muchas opciones para visualizar los datos  ??? - Galaxy también tiene muchas opciones para visualizar tus conjuntos de datos. - Dependiendo del tipo de datos, habrá diferentes opciones para visualizar. --- # Múltiples Análisis - ¿Empezando un nuevo análisis? Crea una nueva historia <i class="fas fa-plus" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">new-history</span> - Puedes tener tantas historias como quieras - Puedes ver todas tus historias <i class="fas fa-columns" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-history</span> - Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis  ??? - Cuando quieres empezar un nuevo análisis, puedes crear una nueva historia usando el icono del signo más en la parte superior del panel de la historia. - Puedes tener tantas historias como quieras. - Puedes intercambiar fácilmente entre historias. - Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis. --- # Workflows - Ejecutar **análisis extremo a extremo** con un clic  - **Extraer** de una historia - **Construir manualmente** con el editor de workflows - **Importar** un workflow compartido ??? - Los workflows te permiten ejecutar tus análisis fácilmente. - Hay múltiples maneras de crear un workflow. - Los workflows se pueden extraer automáticamente de una historia. - Esto quiere decir que puedes hacer el análisis manualmente solo una vez, y luego repetirlo con diferentes datos de entrada. - Puedes construir workflows a mano usando el editor. - O puedes importar un workflow que alguien ha compartido contigo. --- # Compartir - Puedes compartir todo lo que haces en Galaxy - Historias, Workflows, y Visualizaciones - Opciones para compartir - Compartir con usuarios específicos - Compartir vía enlace - *Publicar* para hacerlo visible a todos  ??? - Todo lo que haces en Galaxy se puede compartir. - Puedes compartir tus historias, tus workflows, y tus visualizaciones. - Hay diferentes maneras para compartir tu trabajo. - Lo puedes compartir con usuarios específicos en Galaxy. - O puedes obtener un enlace para compartir con cualquier persona. - Si publicas tu trabajo, será visible a todos. --- # Aprendiendo Galaxy - Material formativo en Galaxy ([training.galaxyproject.org](https://training.galaxyproject.org))  ??? - Si deseas aprender más sobre Galaxy, hay un gran número de tutoriales disponibles. - Estos tutoriales cubren un gran rango de dominios científicos. --- # Obteniendo Ayuda - **Foro de Ayuda** ([help.galaxyproject.org](https://help.galaxyproject.org))  - **Gitter Chat** - [Chat principal](https://gitter.im/galaxyproject/Lobby) - [Galaxy Training Chat](https://gitter.im/Galaxy-Training-Network/Lobby) - Muchos más canales (dominios científicos, desarrolladores y administradores) ??? - Si te bloqueas, hay maneras de conseguir ayuda. - Puedes hacer tus preguntas en el foro de ayuda. - O puedes chatear con la comunidad en Gitter. --- # Únete a un evento - Muchos eventos de Galaxy a través del globo. - Eventos en el horizonte: [galaxyproject.org/events](https://galaxyproject.org/events)  ??? - Hay eventos de Galaxy en todo el mundo, a menudo. - Puedes encontrar eventos próximos en el Horizonte de Eventos de Galaxy. --- ### <i class="fas fa-key" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">keypoints</span> Puntos clave - Galaxy te permite hacer complejos análisis de datos directamente desde tu navegador - Estos análisis son *reproducibles*; Galaxy mantiene registro de todos los detalles de tus análisis - Galaxy tiene una comunidad de usuarios muy grande y activa - Hay mucho material de entrenamiento disponible para aprender Galaxy --- ## Gracias! Este material es resultado de trabajo colaborativo. ¡Agradecimientos a Galaxy Training Network y a todos los contribuidores! <div markdown="0"> <div class="contributors-line"> Autores: <a href="/training-material/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge contributor-shiltemann"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann?s=27" alt="Avatar">Saskia Hiltemann</a> <a href="/training-material/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge contributor-hexylena"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena?s=27" alt="Avatar">Helena Rasche</a> <a href="/training-material/hall-of-fame/npalopoli/" class="contributor-badge contributor-npalopoli"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/npalopoli?s=27" alt="Avatar">Nicolas Palopoli</a> <a href="/training-material/hall-of-fame/jrr-cpt/" class="contributor-badge contributor-jrr-cpt"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/jrr-cpt?s=27" alt="Avatar">Jolene Ramsey</a> </div> </div> <div style="display: flex;flex-direction: row;align-items: center;justify-content: center;"> <img src="/training-material/assets/images/GTN.png" alt="Galaxy Training Network" style="height: 100px;"/> </div> <a rel="license" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/"> El contenido de este tutorial tiene la licencia Creative Commons Attribution 4.0 International License.</a>.