Una Breve Introducción a Galaxy
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Questions
¿Qué es Galaxy?
¿Por qué debería usar Galaxy?
¿Cómo uso Galaxy?
¿Cómo puedo conectarme con la Comunidad Galaxy?
¿Qué es Galaxy?
Speaker Notes
¿Qué es Galaxy?
** Análisis de datos intensivos para todos**
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- Plataforma para Análisis de Datos
- Basado en la Web
- Fácil de usar
-
Gratis y de Código Abierto
- Muchas herramientas (~8000)
- Popular (>10.000 publicaciones)
- Extensos tutoriales disponibles
]
.pull-right[ ]
.footnote[Página principal: galaxyproject.org]
Speaker Notes
- Galaxy es una plataforma web para el análisis de datos.
- Es fácil de usar y completamente gratis.
- Galaxy ofrece más de ocho mil herramientas para análisis.
- Galaxy se usa extensamente. Actualmente tiene más de diez mil publicaciones.
¿Por qué usar Galaxy?
- Es fácil!
- No se necesita instalación, solamente un navegador.
- No hay comandos complejos, ¡simplemente apunta y haz clic!
- Es reproducible
- Galaxy mantiene un registro de los detalles del análisis.
- Multidisciplinar: bioinformática, química, ecología, climatología, ..
Speaker Notes
- Análisis de datos puede ser muy complejo.
- Muchas veces requiere conocimiento especializado de programación o habilidades en la interfaz de línea de comandos.
- Galaxy facilita el trabajo proveyendo una interfaz gráfica de usuario para herramientas populares en análisis de datos.
- Galaxy se basa en la web. Esto significa que no tienes que instalar nada, solamente abre tu navegador y accede a Galaxy.
- Galaxy apoya muchas disciplinas científicas diferentes.
¿Cómo uso Galaxy?
Speaker Notes
- ¿Cómo uso Galaxy?
Encontrar un servidor de Galaxy
-
Las Tres Grandes: Galaxy Principal (usegalaxy.org), Galaxy Europa (usegalaxy.eu), Galaxy Australia (usegalaxy.org.au)
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- Existen muchos más servidores de Galaxy dedicados a ámbitos específicos (125+)
- Lista de todas los servidores públicos de Galaxy: galaxyproject.org/use
Speaker Notes
- Hay tres servidores principales. Son Galaxy Principal, Galaxy Europa, y Galaxy Australia.
- Estas tres Galaxies tienen los equipos más grandes detrás de ellos, y ofrecen la mayoría de las herramientas y recursos.
- Puedes acceder a una cuenta gratis en cualquiera de estos servidores.
- Además, hay muchos servidores más pequeños donde elegir.
- Muchos de ellos se dedican a una disciplina. Por ejemplo, Galaxy Proteomics se enfoca en las herramientas y workflows de la proteómica.
La interfaz de Galaxy
- Los tres paneles principales
- Izquierdo: Herramientas disponibles
- Centro: Ver tus datos y ejecutar una herramienta
- Derecho: Registro completo de tus análisis historia
Speaker Notes
- La interfaz para el usuario de Galaxy consiste en tres partes principales.
- A izquierda, se muestra la lista de herramientas disponibles.
- En el panel central ejecutarás tus herramientas de análisis y verás tus datos y resultados.
- A la derecha hay un registro completo de la historia de tus análisis.
Cargar datos
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-
Cargar desde tu ordenador
-
Importar archivos desde enlace URL
-
Importar desde almacenajes de datos públicos
- UCSC, NCBI, ENA, muchos más..
]
.pull-right[ ]
Speaker Notes
- El primer paso de un análisis es cargar tus datos en Galaxy.
- Esto se puede hacer de varias maneras.
- Puedes cargar archivos desde tu ordenador.
- O puedes usar un enlace URL, y Galaxy descargará los datos desde allí.
- Aún más, Galaxy puede importar datos directamente de varios almacenajes de datos en línea, por ejemplo UCSC, NCBI, y muchos más.
Historia
.pull-left[
-
Archivos aparecen en tu historia
- Tres botones
- galaxy-eye Ver el archivo
- galaxy-pencil Editar atributos
- p.ej. cambiar nombre
- galaxy-cross Borrar archivo
- Hacer clic para expandir
- información sobre el archivo
- formato, tamaño …
- vista previa del archivo
- opciones del archivo
- descargar, visualizar …
- información sobre el archivo
]
.pull-right[ ]
Speaker Notes
- Todos los archivos que cargas aparecerán en tu historia.
- Hay tres botones en cada conjunto de datos en tu historia.
- El icono del ojo te deja ver el conjunto de datos. Esto aparecerá en el panel central de Galaxy.
- El icono del lápiz te deja editar los atributos del archivo. Por ejemplo puedes cambiar el nombre del archivo aquí.
- El icono de la equis te deja borrar el conjunto de datos de tu historia.
- Puedes hacer clic para expandir el conjunto de datos. Esto dará más información y opciones.
Encontrar una herramienta
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- Explorar las secciones del panel de herramientas
- Teclear un nombre en el campo Buscar herramientas ]
.pull-right[ ]
- galaxy-star Star (añadir una estrella) a tus herramientas favoritas para encontrarlas más fácilmente.
Speaker Notes
- Después de cargar tus datos, estás listo para ejecutar herramientas.
- Puedes encontrar herramientas explorando la lista a la izquierda.
- Si ya conoces el nombre de la herramienta que quieres usar, puedes teclearlo en el campo de búsqueda que se ubica en la parte de arriba del panel de herramientas.
- Si has encontrado una herramienta que te gusta, puedes añadirla a tus favoritos haciendo clic en la estrella en la parte de arriba de la herramienta.
Ejecutar una herramienta
.pull-left[
- Elegir los archivos de entrada
- Establecer paramétros de la herramienta
-
Ejecutar
- Debajo del formulario de la herramienta:
- Ayuda
- Cita de la herramienta
]
.pull-right[ ]
Speaker Notes
- Cuando hagas clic en la herramienta, aparecerá en el panel del centro.
- Aquí puedes seleccionar tus archivos de entrada e indicar los parámetros para la herramienta.
- Luego puedes hacer clic en el botón ‘ejecutar’ para iniciar la herramienta.
Resultados del análisis
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-
Salidas de la herramienta se añaden a la historia
- Estados diferentes de los conjuntos de datos
- esperando , ejecutando , éxito, fallado
- Expandir para más opciones
- galaxy-save Descargar conjunto de datos
- galaxy-info Información sobre la ejecución de una herramienta
- galaxy-refresh Recargar herramienta con los mismos parámetros
- galaxy-barchart Visualizar conjunto de datos
- Conjunto de datos rojo?
- galaxy-bug Hacer clic en icono de insecto
- ver mensaje de error
- enviar reporte de error ]
- galaxy-bug Hacer clic en icono de insecto
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Speaker Notes
- Los resultados del análisis se añadirán a tu historia.
- Verás estos archivos de salida pasando por varios estados.
- Cuando un conjunto de datos está en gris, significa que está esperando para ejecutar.
- Cuando está amarillo, significa que la herramienta está ejecutando.
- Cuando la herramienta termine, las salidas aparecerán verdes si la herramienta se ejecutó con éxito.
- Puedes hacer clic en cada artículo en la historia para más información y opciones.
- Por ejemplo, puedes descargar el archivo a tu ordenador.
- O puedes recargar la herramienta con los mismos parámetros.
- También hay una opción para visualizar tus datos.
- Si hay un problema con la herramienta, el color se convertirá en rojo.
- Puedes hacer clic en el icono del insecto para ver el mensaje de error o enviar un reporte del error a los administradores de Galaxy.
Visualizaciones
- Galaxy tiene muchas opciones para visualizar los datos
Speaker Notes
- Galaxy también tiene muchas opciones para visualizar tus conjuntos de datos.
- Dependiendo del tipo de datos, habrá diferentes opciones para visualizar.
Múltiples Análisis
- ¿Empezando un nuevo análisis? Crea una nueva historia new-history
- Puedes tener tantas historias como quieras
- Puedes ver todas tus historias galaxy-history
- Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis
Speaker Notes
- Cuando quieres empezar un nuevo análisis, puedes crear una nueva historia usando el icono del signo más en la parte superior del panel de la historia.
- Puedes tener tantas historias como quieras.
- Puedes intercambiar fácilmente entre historias.
- Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis.
Workflows
- Ejecutar análisis extremo a extremo con un clic
- Extraer de una historia
- Construir manualmente con el editor de workflows
- Importar un workflow compartido
Speaker Notes
- Los workflows te permiten ejecutar tus análisis fácilmente.
- Hay múltiples maneras de crear un workflow.
- Los workflows se pueden extraer automáticamente de una historia.
- Esto quiere decir que puedes hacer el análisis manualmente solo una vez, y luego repetirlo con diferentes datos de entrada.
- Puedes construir workflows a mano usando el editor.
- O puedes importar un workflow que alguien ha compartido contigo.
Compartir
- Puedes compartir todo lo que haces en Galaxy
- Historias, Workflows, y Visualizaciones
- Opciones para compartir
- Compartir con usuarios específicos
- Compartir vía enlace
- Publicar para hacerlo visible a todos
Speaker Notes
- Todo lo que haces en Galaxy se puede compartir.
- Puedes compartir tus historias, tus workflows, y tus visualizaciones.
- Hay diferentes maneras para compartir tu trabajo.
- Lo puedes compartir con usuarios específicos en Galaxy.
- O puedes obtener un enlace para compartir con cualquier persona.
- Si publicas tu trabajo, será visible a todos.
Aprendiendo Galaxy
- Material formativo en Galaxy (training.galaxyproject.org)
Speaker Notes
- Si deseas aprender más sobre Galaxy, hay un gran número de tutoriales disponibles.
- Estos tutoriales cubren un gran rango de dominios científicos.
Obteniendo Ayuda
-
Foro de Ayuda (help.galaxyproject.org)
-
Gitter Chat
- Chat principal
- Galaxy Training Chat
- Muchos más canales (dominios científicos, desarrolladores y administradores)
Speaker Notes
- Si te bloqueas, hay maneras de conseguir ayuda.
- Puedes hacer tus preguntas en el foro de ayuda.
- O puedes chatear con la comunidad en Gitter.
Únete a un evento
- Muchos eventos de Galaxy a través del globo.
- Eventos en el horizonte: galaxyproject.org/events
Speaker Notes
- Hay eventos de Galaxy en todo el mundo, a menudo.
- Puedes encontrar eventos próximos en el Horizonte de Eventos de Galaxy.
Key Points
- Galaxy te permite hacer complejos análisis de datos directamente desde tu navegador
- Estos análisis son *reproducibles*; Galaxy mantiene registro de todos los detalles de tus análisis
- Galaxy tiene una comunidad de usuarios muy grande y activa
- Hay mucho material de entrenamiento disponible para aprender Galaxy